Navoiy mantiq, falsafa, riyoziyot va boshqa fanlar bilan ham shug‘ullangan. Shoir o‘zbek va fors-tojik tillarida bir qancha she’rlar bitib, ikki til bilimdoni sifatida shuhrat qozonadi. O‘zbek tilidagi she’rlarida “Navoiy” (“navo” – kuy so‘zidan), fors-tojik tilidagi she’rlarida esa asosan “Foniy” (“fano” – vaqtincha, o‘tkinchi so‘zidan) va ba’zan “Navoiy” taxallusini qo‘llaydi. Alisher Navoiyning ijodi ulkan. Olti dostonining hajmi 60 000ga yaqin misrani tashkil etadi.
Jonimdogi «jim» ikki dolingga fido,
Anding song «alif» toza niholingga fido,
«Nun»i dogi anbarin hilolingga fido,
Qolgon iki nuqta ikki xolingga fido.
Shoir ijodining yuksak choqqisi “Xamsa” asari (1483-85)dir, shoir birinchilardan bolib, turkiy tilda toliq “Xamsa” yaratdi va turkiy tilda shunday kolamdor asar yozish mumkinligini isbotlab berdi. “Xamsa” tarkibiga “Hayratul-abror”, “Farhod va Shirin”, “Layli va Majnun”, “Sabai sayyor”, “Saddi Iskandariy” kabi dostonlar kiradi. Navoiyning tasavvufiy qarashlari deyarli barcha asarlarining ruhiga singgan bolsa-da, maxsus “Lisonut-tayr” dostonida, “Nasoyimul-muhabbat” manqabasi”da, “Tarixi anbiyo va hukamo”, “Arbain”, “Munojot” singari asarlarida aks etgan.
